En el año 2008 varias organizaciones agrarias de ámbito territorial regional toman la decisión de abandonar la coordinadora en la que se encontraban hasta ese momento, debido a su descontento con el funcionamiento de la misma y a no sentirse representados conforme a los principios de independencia, democracia, pluralidad y profesionalidad que debieran inspirarla.
En un primer momento tras su salida se constituyen como un grupo independiente de opinión, denominándose como “La Unión”.
Posteriormente, se producen contactos y acercamientos de algunas otras asociaciones y grupos de agricultores y ganaderos en similares circunstancias y con intereses y objetivos coincidentes, que derivan en la constitución de la organización profesional agraria de ámbito estatal Unión de Uniones de Agricultores y Ganaderos. Esta se crea como instrumento al servicio de los agricultores y ganaderos y otros colectivos del medio rural para, en representación de los mismo, trasladar sus inquietudes y problemas y contribuir a su solución por medio de la interlocución institucional con las Administraciones Públicas y entidades privadas.
En aquel momento integran la Unión de Uniones como organizaciones fundadoras la Unió de Pagesos, Unió de Llauradors i Ramaders, Unión de Campesinos de Castilla y León, La Unión de Extremadura, Plataforma Agraria Libre de Canarias, y Unión de Agricultores Ganaderos y Silvicultores de la Comunidad de Madrid.
Pese a su constitución en 2008, algunas de las entidades que impulsaron el proyecto eran ya en aquel momento referencia histórica en sus territorios del sindicalismo agrario, con más de 30 años de lucha en la defensa de los intereses profesionales de los agricultores y ganaderos.
Desde entonces hasta ahora, nuevos movimientos reivindicativos de agricultores y ganaderos han considerado que la Unión de Uniones respondía a sus expectativas de órgano de representación y prestación de servicios, habiéndose producido nuevas incorporaciones a la organización, que se halla hoy presente en 11 Comunidades Autónomas a través de las uniones territoriales ya mencionadas.